Geradlinig verlief der Weg des Rheinländers zum Radsport nicht, Peffgen stieg erst über Umwege auf das Zweirad. Handballer und Fußballer war er, ehe ihn sein Vater, selbst Mitglied in einem Radsportverein, auf die Straße lockte und die Erfolgsgeschichte ihren Lauf nahm. Bereits im Alter von 16 Jahren wurde er erstmals Deutscher Meister - in der Juniorenklasse. Als Amateur wurde Peffgen bei den Olympischen Spielen 1964 in Tokio im Straßenrennen Sechster und 1965 Deutscher Meister und empfahl sich damit für eine Profikarriere.

Die schlug er ab Dezember 1965 beim Kölner Sechstagerennen ein. Insgesamt fuhr der Kölner 190 Sechstagerennen, die meisten davon mit seinem langjährigen Partner Albert Fritz. Dabei brachte er es auf 16 Siege, 41 zweite und 29 dritte Plätze. Seine größten Erfolge auf der Bahn hatte Peffgen jedoch als Steher. Dreimal - 1976, 1978 und 1980 - wurde er gemeinsam mit seinem langjährigen Schrittmacher Dieter Durst Weltmeister in dieser Disziplin und fünfmal Europameister. Zudem gewann er 1978 und 1979 den Weltpokal.

Zwischen 1967 und 1973 startete Peffgen viermal bei der Tour de France. 1968 konnte er bei der Spanien-Rundfahrt einen Etappensieg erringen und 1972 wurde er noch einmal Deutscher Straßenmeister - dieses Mal bei den Profis.

Seine Karriere beendete Wilfried Peffgen 1983 beim Kölner Sechstagerennen.

Nachdem er seit 1967 gemeinsam mit seiner Frau eine Tankstelle in Köln-Longerich betrieb, eröffnete der gelernte Schlosser in Köln ein Fahrradgeschäft und war selbst noch viel auf dem Rad unterwegs. Zudem war er bis 2009 Sportlicher Leiter des Dortmunder Sechstagerennens. In den vergangenen Jahren hatte Peffgen mit gesundheitlichen Problemen zu kämpfen.